Su carrera se vería beneficiada tras ejercer como abogado de la familia del diplomático Orlando Letelier en el juicio contra el General Manuel Contreras, uno de los más importantes de los primeros años tras el fin de la dictadura. En su alegato ante la Corte Suprema, Bustos presentó su teoría de la participación y de la autoría mediata de Contreras y otros miembros de la Dirección de Inteligencia Nacional en el atentado contra el diplomático en Washington D.C., en 1976. Contreras, uno de los militares de mayor influencia durante la dictadura militar, fue encontrado culpable y condenado en 1993 a presidio por siete años. Bustos participó en varios juicios contra militares por violaciones a los derechos humanos, incluyendo causas como la de Jaime Aldonay.
Funeral de Juan Bustos en el Salón de Honor del antiguo edificio del Congreso Nacional de Chile.
En 1996 fue designado como abogado integrante de la Corte de Apelaciones de San Miguel y al año siguiente sería presentado como candidato a diputado representando al distrito N°12, comprendido por las comunas de Limache, Olmué, Quilpué y Villa Alemana, pertenecientes a la V Región de Valparaíso. Fue electo con un 27,6% de los votos, y sería posteriormente reelecto en las elecciones de 2001 y 2005.
En su labor como diputado, Juan Bustos participó en diversas comisiones. Durante sus tres períodos fue integrante de la comisión permanente de Constitución, Legislación y Justicia, presidiéndola durante parte de su segundo periodo. En ese mismo periodo fue parte de la comisión de Familia y de la Comisión Especial sobre Seguridad Ciudadana. En su tercer y último periodo, fue parte de la comisión especial de Libertad de Expresión y Medios de Comunicación.
A nivel partidista, fue miembro de la Comisión Política del Partido Socialista entre 1997 y 1998, vicepresidente de la colectividad entre 2001 y 2003 y luego miembro del Comité Central.
El 13 de marzo de 2008, fue electo como Presidente de la Cámara de Diputados de Chile con 100 votos de un total de 107 diputados presentes en la sesión. La elección de Bustos se logró tras un acuerdo entre la oficialista Concertación de Partidos por la Democracia y la Alianza por Chile, el principal bloque opositor. La alianza entre ambas coaliciones desató la molestia por parte de diputados independientes, que prefirieron abstenerse.
En el imagen Juan Bustos:
