Gounod se decidió a tratar el tema de Fausto respondiendo al clima general de admiración por la intelectualidad germánica que se estaba creando en Francia, y que generaría la adaptación de obras de Goethe para la escena francesa, y el primer intento fallido de Wagner de estrenar en París (1861).
Fausto no fue aceptada en el Teatro de Ópera Nacional, por ser poco "vistosa" y el estreno en el Lyrique tuvo que retrasarse un año porque se presentaba el drama Fausto de Adolphe d'Ennery en Porte St. Martin. El gerente del teatro, Léon Carvalho, designó a su esposa Marie Miolan-Carvalho, para interpretar el personaje de Marguerite, e impuso varios cambios durante la producción, incluso llegó a suprimir algunas partes.
Se estrenó en el Théâtre-Lyrique de París el 19 de marzo de 1859. Incluía diálogos hablados que posteriormente, con ocasión de la primera representación en Estrasburgo, en abril de 1860, fueron sustituidos por recitativos.
Fausto no fue inicialmente bien recibida, pero su editor, Antoine Choudens, que había adquirido los derechos por diez mil francos, llevo la obra en gira por Alemania, Bélgica, Italia e Inglaterra, con la misma Marie Caroline Carvalho en el papel principal. Para esta gira se cambió el diálogo hablado de la versión original por recitativos.
En 1862, tres años después del estreno, se repuso en París, y esta vez fue un éxito. Más tarde, Gounod insertó en el acto II el aria de Valentin, Avant de quitter ces lieux..., con ocasión de la representación en el Her Majesty's Theatre el año 1863.
En 1869, se presentó una tercera versión, con el ballet de la noche de Walpurgis incluido para que la obra pudiera ser interpretada en la Ópera en 1869. Se convirtió en la ópera más frecuentemente representada en ese teatro y un producto principal del repertorio internacional, en donde permaneció durante décadas.
En París, Fausto gozó de 314 funciones en los diferentes escenarios del Théâtre-Lyrique hasta abril de 1869, después 166 veces desde el año 1869 al 1875 e la Ópera (Salas Le Peletier y Ventadour). La obra conoció una larga carrera internacional y gozó de una inmensa popularidad. Fue representada más de 2.400 veces en la Ópera Garnier.
Fauso inauguró la Metropolitan Opera en la ciudad de Nueva York por vez primera el 22 de octubre de 1883. Es la octava ópera más representada allí, con más de 730 representaciones hasta 2008.
Su popularidad y reputación ha ido decaído un poco desde alrededor de 1950. Esto se debe a que una producción completa, con sus grandes coros y elaborados escenarios y vestuario resulta muy costosa, sobre todo si se incluye el ballet en el acto V. No fue hasta el período entre 1965 y 1977 que la versión completa fue interpretada (y luego con algunos cortes menores), y todas las representaciones en esa producción incluyeron la Walpurgisnacht y el ballet.
Fausto sigue siendo una de las óperas más populares; en las estadísticas de Operabase aparece la n.º 35 de las cien óperas más representadas en el período 2005-2010, siendo la 3.ª en francés y la primera de Gounod.
La ópera francesa era muy rígida en sus planteamientos y Gounod demasiado superficial para tratar el tema de Fausto en profundidad, motivo por el cual en Alemania, aunque apreciaron la bella y eficaz partitura de Gounod, la ópera muchas veces no se anuncia con su título original, sino que la llaman Marguerite, al considerar que tan sólo trata del episodio de este personaje femenino de la obra de Goethe.
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